Katheterablatie is een veilige ingreep. Er wordt een lage dosis röntgenstraling gebruikt, die (vrijwel) geen schadelijke gevolgen heeft. Risico's die samengaan met de katheterisatie zijn:
- losschieten van bloedstolsels door het werken met een katheter in de linkerboezem, met het risico op een beroerte
- ontstaan van een ritmestoornis
- een bloeding op de plaats waar de slagader of de ader is aangeprikt
Risico's die specifiek zijn voor ablatie:
- een gaatje in het hart, waardoor bloeding in het hartzakje optreedt (1%)
- ablatie in de buurt van de AV-knoop bestaat een zeer kleine kans dat de AV-knoop zelf beschadigd wordt